内含子边界并不规则。 AG-GT型内含子的剪接位点 (splicing site，ss) 具有明显的保守序列 发现的AT-AC型内含子是以AT 双核苷酸起始， AC 双核苷酸结束。后来也发现一部分内含子是以GT起始AG结束的，此外还有极小一小部分内含子边界并不规则。
