如果证书在丢失前已经过认证，则可以使用特殊发票发票保留副本；如果在损失之前没有经过认证，可以通过特殊发票与主管税务机关签订。 特殊发票发票的副本将保留供将来参考。
一般情况下，纳税人丢失已开具特殊发票的发票组合，可以扣除特殊发票作为会计凭证，并保留特殊发票扣除和联合副本，以备日后参考。
一般纳税人销售货物（包括视同销售货物在内）、应税劳务、根据增值税暂行条例实施细则规定应当征收增值税的非应税劳务（以下简称销售应税项目），必须向购买方开具专用发票。
下列情形不得开具专用发票：商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品不得开具专用发票。销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。
参考资料来源：百度百科-增值税专用发票
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