哈哈，这个问题我也遇到过，专门研究过，我估计这个是Excel的bug，在2010版本就没有了。
解决方法1，你在点“筛选”之前，全部选中所有数据，就不会出现这种情况了。
解决方法2，筛选旁边有一个“重新应用”，筛选之后点一下，再拉，就不会出现这种情况。（这个是正解）
解决方法3，筛选另外的列，再筛选回来，再拉，也不会出现。
这种情况出现情况：第一次筛选+只选第一行筛选，才会出现，可能是bug。
选中要填的范围
Ctrl+G -----定位条件----空值
输入你要输入的 数据或 公式 ，按 Ctrl+Enter
或者 复制第一个单元格的 数据或公式 ， 选中范围， 定位 后粘贴
正常下拉是不会覆盖隐藏数据的， 用 双击 才会覆盖.
你试一下，在第一个单元格填写数据后不下拉。而是“复制”这个单元格数据，然后选中下面的单元格“粘贴”。
我理解有误- -!
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