如果购买方在认证当天（包括网上认证企业）发现有取得的属作废发票，必须在认证当天下班前及时通知主管税务机关在认证系统中删除已认证信息，隔天后无法删除已认证信息；如果购买方已认证的抵扣发票属作废发票，在次月纳税申报时应作进项税转出。（注：购买方将“发票联”、“抵扣联”退回销货方前，应先取得销货方出具的情况说明，并留存一份复印件。）
具体操作就是:
先做帐,然后下个月专管会找你让你写情况说明的,然后再做进项转出
退发票时候让对方也写份情况说明盖上公章给你,然后作废的复印件你也留好,两联都要,有用的
问题中的这种情况属于将电子发票进行了作废，而纸质发票交给了购货方，并且购货方通过了认证进行了进项税额抵扣。在增值税稽核系统属于作废发票，那么在次月的19号经过国家税务总局进行比对以后，系统会提示发票为作废发票，会通知购货方主管税务机关进行协查，购货方主管税务机关会通知购货方作进项税额转出处理，并将协查结果回复给开票方主管税务机关。而对于销货方来说，因为发票已经作废，在本月肯定没有进行作销售处理，那么，在这个月可以重新再开正确发票,购货方接到重开发票按照正常程序重新抵扣。
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