u盘做启动盘，可以用ntfs格式吗？

办法是有的.....提供一个供你参考: (注意这些方法有一定风险,特别需要做好文件备份工作!)
对于我自己来说,,为了复制单个超过4G的文件,,因此我把优盘分区,,第一分区2G,用Fat32格式,,用来安装pe启动系统和软件;;第二分区6G,,用NTFS,,用来装载数据啦!
不可否认NTFS的优点太多了，但用在U盘上有一个缺点，导致我否定了。就是NTFS的U盘，很多时候不能，安全删除驱动器。而且有部分U盘几乎每次都不能删除驱动器，只能强行把U盘。可能你说现在很多U盘都支持直接拔，但只是对于FAT32格式而已，NTFS是会损坏U盘的。其实右键U盘在属性上选择策略，选择为提高性能而优化（所有的U盘都能格式化成NTFS，除2G以下的，2G不支持NTFS）

怎么让U盘是ExFAT或NTFS格式又支持UEFI和BIOS启动 ......

为免于误会，先声明一下：①本方法是为了解决U盘使用ExFAT或NTFS格式时支持UEFI启动问题，并提高启动成功率。不是为了“隐藏”，里面提及的“隐藏”和“显现”，仅是为Windows资源管理器可以识别到U盘的第二分区，并进行读写操作。②仅介绍一种 BIOS/UEFI双启动的方法，并不涉及到“技术”。如果硬要说技术，那就是UEFI标准的技术。按EFI启动的技术标准，它可以识别到并读取 Windows资源管理器不识别的U盘分区。

买了个32G支持USB3.0接口的U盘。做U启后发现有个难题：支持UEFI启动，U盘只好用FAT32格式，但Win8的x86和x64整合包大于4G，无法存入U盘。ExFAT和NTFS磁盘格式支持大文件，但又不支持UEFI启动。
经查资料，UEFI支持隐藏分区启动，又根据高手的经验，FAT16格式和“高端隐藏”可以提高UEFI启动兼容性。因此尝试将U盘分2个区，前面分区用ExFAT格式，用于做BIOS启动和存放文件资料；后面的用FAT16格式，专用于UEFI启动。
因UEFI启动分区是U盘的第二个分区，一般情况下，Windows只认闪盘（Flash Disk）第一个分区，所以在“资源管理器（我的电脑）”看不到u盘后面的FAT16分区。因而UEFI的PE（RamOS）启动后，无法识别和管理 FAT16分区的。FAT16分区不能放这些PE的外置程序，不过无所谓，外置程序就放在ExFAT分区中，跟BIOS启动的PE共用外置程序，一举两 得。
肯定有高手会说，可见区放PE和外置不安全，我倒觉得没什么问题。一来U盘是自己用，很少外借（几十块钱一个，有电脑的人都买得起），二来现在病毒（木 马）以“赚钱”为目的，不会特意破坏电脑系统（因为用户重装系统对木马所有者未必是好事）。因此这几年来，我没有学论坛高手那样折腾什么“隐藏”，都是用 Win7/8的Diskpart组件制作U启（因为Diskpart分区时会自动进行4K对齐，写入MS的NT6.x的MBR，又可设置“族”参数，有助 于提高大文件拷入速度，关键是MS的MBR兼容性还是相当不错的）
本方法用到2个软件：DiskGenius和BOOTICE，点名字本站免费版下载。具体制作方法介绍如下：
1、将U盘分2个区
先备份U盘的资料。运行diskgenius免费版，点选目标U盘，备份U盘分区表（建议养成备份习惯）。调整U盘分区，在后面留1～2G自由空间（大小根据自己UEFI启动文件大小而定），在自由空间新建一主分区，选FAT16格式。也可以删除U盘所有分区后重新分区。
2、格式化第一分区为ExFAT格式，拷入BIOS启动文件。
在“资源管理器（我的电脑）”中格式化U盘为ExFAT格式。再拷入BIOS启动文件。

3、显现FAT16分区，并拷入UEFI启动文件
运行bootice，选中目标U盘，点“分区管理”进入分区操作界面。先将第一区（ExFAT区）隐藏，然后将第二区（FAT16区）显现。这样“资源管理器（我的电脑）”中就可以对FAT16区进行管理了。拷入UEFI启动文件。

4、显现ExFAT分区，隐藏UEFI启动分区（FAT16区）
在bootice“分区管理”界面中，将FAT16区（第二区）隐藏，然后将第一区（ExFAT区）显现。关闭退出“分区管理”界面。
顺便看看U盘的“主引导记录”是否是Nt6.x（bootmgr），不是的话，改回NT6.x的MBR。当然，MBR也可以用其它的，视你的可见区PE需要而定。

　　可以的，U盘启动是加载到内存，任何非闪存存储介质都可格式化的。
　　USB安装系统教程：
　　1、制作启动盘。（W7系统4GU盘，XP系统2GU盘）下载大白菜或者老毛桃U盘制作软件，安装软件，启动，按提示制作好启动盘。
　　2、下载一个要安装的系统，压缩型系统文件解压（ISO型系统文件直接转到U盘）到制作好的U盘，启动盘就做好了。
　　3、用U盘安装系统。插入U盘开机，按DEL或其它键进入BIOS，设置从USB启动-F10-Y-回车。按提示安装系统。
　　4、安装完成后，拔出U盘，电脑自动重启，点击：从本地硬盘启动电脑，继续安装。
　　5、安装完成后，重启。开机-进入BIOS-设置电脑从硬盘启动-F10-Y-回车。以后开机就是从硬盘启动了。
　　6、安装完系统后，用驱动人生更新驱动程序。

这个问题我也问过，我的是台电骑士32G，完全可以！顺便推荐个软件：电脑店U盘启动盘制作工具 v5.0 (UD ISO二合一版)，界面直接就有NTFS的选项！软件去迅雷方舟找，287M用离线很快就下完了，制作起来也很快！
另外，做启动盘当然用FAT32比较好，因为兼容性强，不过U盘的读写性能会有所下降，亲测写入4G的魔兽NTFS比FAT32快了近三分钟！于是果断格回NTFS！用另一4G的U盘做了启动盘…
总之，不经常用PE的话，强烈推荐就用NTFS！有张TF卡和读卡器也能做启动盘呀！
希望对你有帮助！

如果你不存放超过4GB以上的单个文件，就没有必要格式化成NTFS格式，FAT32格式的U盘兼容性更好，使用更方便。
将U盘格式化成NTFS格式的操作方法

请按下面步骤操作，可使你的U盘具有NTFS文件系统：1、打开“我的电脑”；2、右击代表U盘的盘符，选择属性；3、选择“硬件”选项页，在“名称”中选择你的U盘，单击属性；4、在打开的“属性”对话框中，选择“策略”，再选择“为提高性能而优化”；5、“确定”退出，重启电脑；6、电脑重启后格式化U盘，就可选择NTFS文件系统格式化U盘了。

没必要，ntfs格式的储存量小，不是说U盘会变小，是一次性的存储变小，不支持过大的存储，比如一个系统3G多就不能放进去了，ntfs唯一的好处就是做成系统比较稳定