中山大学和武汉大学的数学专业(应用数学)那个好？

就数学的水平而言，武汉大学好于中山大学。

这个问题你同样可以参考“教育部学位与研究生教育发展中心”发布的《2012年 学科评估结果》。教育部学位与研究生教育发展中心组织开展的学科评估，是按照《学位授予和人才培养学科目录》的学科划分，对具有研究生培养和学位授予资格的一级学科进行的整体水平评估。

《2012年 学科评估结果》之中，0701数学的全国高校排名及其得分如下：

0701数学这个一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共67所，本次有47所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计102所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。

资料来源：教育部学位与研究生教育发展中心《2012年 学科评估结果》

中国学位与研究生教育信息网

主要看你就业地点，这两所学校的数学实力差不多，谈不上谁更好
2017年教育部第四轮学科评估中，数学学科实力为A 类的如下（同档次院校排名不分先后）：
A+
10001 北京大学
10246 复旦大学
10422 山东大学
A
10003 清华大学
10027 北京师范大学
10055 南开大学
10248 上海交通大学
10358 中国科学技术大学
10698 西安交通大学
A-
10183 吉林大学
10213 哈尔滨工业大学
10247 同济大学
10269 华东师范大学
10284 南京大学
10335 浙江大学
10486 武汉大学
10558 中山大学
10610 四川大学

个人觉得中山大学略高一筹，中山大学的相关专业都是很强的。武汉大学的经济、计算机不错。

两个都是985，除了考虑学校师资以外，也要考虑影响力。看你打算在哪工作就业。如果不考虑就业地点，那么确定学科可以看双一流，中大数学是双一流，但武大的不是。我个人建议是中大

武汉大学2017年综合排名第3位（虽然多人不服），
中山大学12位。
武大偏理科，中山文科更强，
所以，显然是武汉大学。