应该都要写上，如果是大量没翻译成现代文的话，可能会造成部分人理解障碍，而没有写清楚引用文献，是不符合规范的做法，一定要写明才可以。
出处是古文献的出处，按规范作注，经典古籍可以直接加书名，篇目，之后引文。也可在引文后加括号附注。译文不必过细对译，讲清楚大意，或夹叙夹译即可，主要对生僻字，典故，有版本不同，或歧义，要注明，规范尾注或脚注。
应该是要求您查阅并标注这些引文的出处，因为这类论文比较专业，阅读的范围不广，读者都是具备一定知识背景的，基本上不需要翻译。您以为呢？
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