一、性质不同
1、会计信息系统：既是一门跨学科的课程，又是一门专业理论、方法、实践都很强的课程
2、管理信息系统：是一个一般用于描述企业内部电脑系统的术语。
二、作用不同
1、会计信息系统：可以从所要达到的目标出发，设计出业务流程更加合理、更适合计算机处理、效率更高、计算更精确的会计核算形式和核算方法。
2、管理信息系统：主要提供与企业商业操作相关的信息。
三、特点不同
1、会计信息系统：数据来源广泛，数据量大；数据的结构和数据处理的流程较复杂；数据的真实性，可靠性要求高；数据的加工处理有严格的制度规定并要求留有明确的审计线索。
2、管理信息系统：在一个大型企业里，“MIS”或“MIS部门”指主要的，或与主要同等地位的电脑专门技术和管理系统，通常包括主机系统，也包括企业整个电脑资源网络的扩展部分。
参考资料来源：
百度百科-管理信息系统
百度百科-会计信息系统
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