参加合作医疗的农民，无论门诊诊或住院，实际发生的医疗费用，只要符合合作医疗相关规定，均可获得一定比例的补偿。
1、门诊补偿。参合农民在定点医疗机构门诊就医，其医药费用，可按县市制定的门诊补偿办法及补偿程序，获得补偿，但在非定点医疗机构就医的不予补偿。
2、住院补偿。参合农民因病需住院治疗，必须在合作医疗定点医疗机构住院，其补偿方式及补偿比例，需按县市制定的实施细则(方案)要求进行补偿。
参合农民在定点医疗机构住院治疗所发生的医疗费用，首先扣除起付标准规定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊检查费后，按比例补偿。起付标准，按不同级别的医疗机构确定。越是基层医疗机构，起付标准越低．越是上级医疗机构，起付标准越高。
扩展资料：
管理能力：
各试点县（市、区）要加强经办机构建设和管理。要按规定解决合作医疗经办机构的编制，同时要支持保险公司参与合作医疗业务服务的试点。
要按照新型农村合作医疗试点的基本原则和政策要求，明确政府相关部门、经办机构（保险公司）及定点医疗机构的权利、义务，保障参合农民的合法权益，为农民提供方便、良好的服务。要继续加强合作医疗管理人员和经办人员的政策、业务培训，提高合作医疗管理能力。
要加快合作医疗信息化建设，逐步实现网上审核报销、监管和信息传输，加强规范管理。试点县（市、区）财政部门要将经办机构人员和工作经费列入年度预算，予以保证，不得从合作医疗基金中提取。
地方各级人民政府要对新增试点县（市、区）适当提供启动经费。中央财政将通过专项转移支付对中西部地区的试点工作予以支持。
参考资料来源：百度百科-新型农村合作医疗
参加合作医疗的农民，无论门诊诊或住院，实际发生的医疗费用，只要符合合作医疗相关规定，均可获得一定比例的补偿。
1、门诊补偿。参合农民在定点医疗机构门诊就医，其医药费用，可按县市制定的门诊补偿办法及补偿程序，获得补偿，但在非定点医疗机构就医的不予补偿。
2、住院补偿。参合农民因病需住院治疗，必须在合作医疗定点医疗机构住院，其补偿方式及补偿比例，需按县市制定的实施细则(方案)要求进行补偿。
(1)参合农民在定点医疗机构住院治疗所发生的医疗费用，首先扣除起付标准规定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊检查费后，按比例补偿。起付标准，按不同级别的医疗机构确定。越是基层医疗机构，起付标准越低．越是上级医疗机构，起付标准越高。
确定起付标准，是按一级医院(乡镇卫生院)、二级医院(县市级医院及部分州级医院)、三级医院和省级及以上医院四个等级划分的。
(2)参合农民在定点医疗机构住院发生医疗费用，减去起付标准的金额。再减去应当自付的部分金额，就是计算补偿的范围。以此为基数。按补偿比例计算出应当补偿参合人的具体数额。
具体补偿比例，也是按照一级医院、二级医院、三级医院和省级及以上医院级别确定的。具体比例分别为60％、50％、30％、20％。个别县市在制定方案时，适当提高了基层定点医疗机构的补偿比例，属正常情况。
每个地方政策不一样，建议直接到当地农保办公室咨询
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