基德：
76 柯南vs怪盗基德 ☆
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）☆
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德 ☆ （幼年快斗也有出现）
356 怪盗基德的惊异空中步行 ☆
394 诡异宅院大冒险（封印篇）
395 诡异宅院大冒险（机关篇）
396 诡异宅院大冒险（解决篇）☆
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）☆
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）【一代】
473 工藤新一少年时的冒险（后篇）【一代】（幼年黑羽快斗也有出现）
479 和服部平次在一起的三天（白马探回忆）
515 怪盗基德的瞬间移动 ☆
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）☆
571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）（远影）
585 永恒的樱花之恋 （基德的预告）
586 消失在黑暗中的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团 ☆
627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇）☆
628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）☆
678 长崎谜之剧场（幕末篇）◆（小兰提及）
平次：
48 外交官杀人事件（前篇）
49 外交官杀人事件（后篇）
57 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
58 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）（发现江户川柯南真实身份）
77 名门连续惨死事件（前篇）
78 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*（给出版社打电话以及引子）
118 浪花连续杀人事件
141 结婚前夜密室事件（前篇）
142 结婚前夜密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件
189 危命的复活 负伤的名侦探 *（探望受伤的柯南）
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 归来的新一 *（回忆中出现）
221 满口谎言的委托人（后篇）*（引子）
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3K事件（前篇）
239 大阪的3K事件（后篇）
240 新干线护送事件（前篇） *（开头，为上一集收尾）
263 大阪双重迷案 浪花剑士与太阁之城
277 英语教师VS关西名侦探（前篇）
278 英语教师VS关西名侦探（后篇）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
371 沉默的航线（前篇） *（一个镜头）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔
406 柯南平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次在一起的3天
484 黑色照片的去向（前篇）*（告诉江户川柯南自己对本堂瑛佑的调查结果）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
491 红与黑的碰撞 开端 *（收尾）
509 红白黄色与侦探团 * （柯南回忆《火焰中的红马》情节）
515 怪盗基德的瞬间移动魔术 *（引子）
516 风林火山 迷宫的铠甲武士
517 风林火山 阴和电闪的终结
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真实身份与兰的眼泪
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇） *（给柯南打电话。平次登场部分实际对应漫画Vol.63 File.3《旋转的凶器》，制作为动画时移动到此集中）
554 鹳的探索之旅（小兰搜索篇）◆
555 鹳的探索之旅（阳菜追踪篇）◆
571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）（少年侦探团回忆《鹳的探索之旅》时，平次有露脸）
572 妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇）（最后登场，揭示此事件与服部的关联，并为下一集做引子）
573 害羞的护身符的去向（前篇）
574 害羞的护身符的去向（后篇）
610 被害者是Kudou Shinichi（被害者“工藤伸壹”和“工藤新一”读音相同）
611 犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章）
612 犬伏城 炎之魔犬（足迹之章）
613 犬伏城 炎之魔犬（公主之章）
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决
652 毒与幻的设计（EYE）
653 毒与幻的设计（S）
654 毒与幻的设计（Poison）
655 毒与幻的设计（Illusion）
新一：
001 云霄飞车杀人事件（初登场）
002 董事长千金绑架事件（兰的回忆）
007 每月一件礼物威胁事件（远影）
010 足球选手恐吓事件（想像）
018 六月新娘杀人事件（回忆）
026 爱犬约翰杀人事件（回忆）
032 咖啡店杀人事件（回忆）
033 侦探团生还事件（远影）
041 企业家千金杀人事件（后篇）（兰的幻觉）
042 卡拉OK厅杀人事件（远影）
048 外交官杀人事件（前篇）（回忆）
049 外交官杀人事件（后篇）（TV48中喝下白干后暂时恢复）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）（回忆）
076 柯南VS怪盗基德 （远影）
078名门连续惨死事件（后篇） （远影）
084 滑雪别墅杀人事件（前篇）（回忆、远影、想象）
085 滑雪别墅杀人事件（后篇）（远影）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 （想像）
100 初恋情人回忆事件（前篇）（回忆）
101 初恋情人回忆事件（后篇）（回忆）
118 浪花连续杀人事件（平次的梦）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 （远影）
162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰睡梦中的回忆）
190 危命的复活 第三种选择（平次扮，后被揭穿）
191 危命的复活 黑衣骑士 （变回来的）
192 危命的复活 新一回来了（药效没过）
193 危命的复活 约定的场所（药效没过，但在结尾过了）
196 看不见的凶器 小兰的初次推理 （兰的想象）
217 被封印的目暮秘密（远影）
219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 （回忆）
228 暗藏杀机的陶艺教室 （前篇）（兰的想象）
239 大阪的3个K事件（后篇）（远影）
250 偶像们的秘密（后篇）（剪报）
253 本厅刑事恋爱物语4（前篇）（远影）
255 松江玉造连句十四次胜负（前篇）（兰的错觉）
268 情人节的真相（解决篇）（远影）
271 急忙掩饰的忽略 （前篇）（小兰上课走神，想起了赤井秀一和新一）
278 英语教师VS西部名侦探（后篇）（照片）
280 迷宫的阴暗（后篇）（回忆）
284 中华街雨中的似曾相识（前篇）（兰的错觉）
285 中华街雨中的似曾相识（后篇）（兰的错觉）
286 工藤新一NY事件（事件篇）（回忆）
287 工藤新一NY事件（推理篇）（回忆）
288 工藤新一NY事件（解决篇）（回忆）
300 友情与杀意的关门海峡（后篇）（远影）
304 震动的警视厅 1200万人质 （兰的错觉、远影）
312 染上夕阳的布偶（前篇）（回忆）
330 被挑拨的友情（后篇）（回忆）
331 疑惑的咖喱饭（上篇）（想像）
343 便利店中的阴谋（前篇）（远影）
344 便利店中的阴谋（后篇）（远影）
345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（平次假扮）
382 谁的推理秀（后篇）（服部回忆外交官杀人事件工藤说的话）
383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔（回忆）
387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音（尾曲）（柯南回忆自己唱歌）
398 奇妙一家的委托（前篇）（想象）
399 奇妙一家的委托（后篇）（兰的想象）
400 心存疑惑的兰（回忆、远影）
410 同时进行的舞台剧和绑架案（后篇）（回忆）
411 神社鸟居之惊悚暗号 （和兰打电话）
412 神社鸟居之惊悚暗号（远影）
422 银杏色的初恋（后篇）（回忆）
413 完全一半犯罪之谜 （回忆）
423 侦探团与青虫四兄弟（远影）
434 名犬Cool的功劳（远影）
437上户彩和新一 四年前的约定（回忆）
456 我喜爱的推理 （回忆）
457 园子的红手帕（前篇）（园子打比方）
472 少年工藤新一的冒险（前篇）
473 少年工藤新一的冒险（后篇）
490 工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（初中时代回忆）
508 卡拉OK厅的死角（后篇）（远影）
511 推理对决！新一vs冲矢昴（和兰打电话）
517 风林火山 阴和雷霆的对决（远影）
521 杀人犯 工藤新一 （照片、回忆、诚人整容）
522 新一的真实身份和兰的眼泪 （回忆、诚人整容、服药恢复）
523 真正想问的事 （服药恢复）
524 憎恶的蓝色火花（前篇）（开头）
545 雾中尖叫的魔女（前篇）（远影）
557 与危险的二人同行（远影）
565 没有看见的目击者（开头想象）
573 于心有愧的护身符的去向（前篇）（兰回忆522集）
592 猴子与熊手的酉之市侦探物语（前篇）（兰回忆523集）
608 白色情人节的背叛（前篇）（想象）
609 白色情人节的背叛（后篇）（远影、想象）
616 福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）（服药恢复）
617 福尔摩斯的启示录（Love is 0）（服药恢复）
618 福尔摩斯的启示录（撒旦）（服药恢复）
621 福尔摩斯的启示录（0 is start）（兰的回忆、服药恢复）
622 紧急事态252（前篇）（回忆伦敦篇）
625 尖叫手术室（前篇）（回忆伦敦篇）
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）（远影）
648 侦探事务所笼城事件（勃发）（远影）
649 侦探事务所笼城事件（狙击）（远影）
南极真：
153.【危险的夏天物语（上集）】1999/7/19
154.【危险的夏天物语（下集）】1999/7/26
复活的死亡讯息
172.【复活的死亡讯息 (前篇) 】1999（开场不久联想时露了一个镜头）
173.【复活的死亡讯息（后篇）】1999/12/20（最后后记打了个电话给园子）
目暮尘封的秘密
217 目暮尘封的秘密（上集）2000年（4分12秒左右有一个收包裹的镜头）
格斗游戏的陷阱
226 格斗游戏的陷阱(前篇)2001年（2分40秒左右）
充满杀意的陶艺教室
228.杀意の陶芸教室(前编)【充满杀意的陶艺教室（上集）】2001(做了个杯子给阿真～结果被以为是花瓶～)
229.杀意の陶芸教室(后编)【充满杀意的陶艺教室（下集）】2001/3/19
情人节真相
266.【情人节的真相（事件篇）】2002/1/28
267.【情人节的真相（疑惑篇）】2002/2/4
268.【情人节的真相（解决篇）】2002/2/11（其实只是在最后出现了）
震动警视厅1200万名人质
304震动警视厅 1200万名人质 2003年（46分9秒左右，出现在园子手中的照片上）
342 豪斯登堡的新娘（9分14秒左右，曾被园子提过，因为园子想送玩具熊和衣服给真）
疑惑的咖喱饭
331 疑惑的咖喱饭(前篇) 2003年（4分8秒左右出现在园子脑海里）
356.怪盗基德的惊异的空中步行（园子的想象）
园子的红手帕
457.【园子的红手帕（前篇）】2006/11/20
458.【园子的红手帕（后篇）】2006/11/27（也是最后）
猴子和耙子的通缉令
592 猴子和耙子的通缉令(前篇) （在园子抽恋爱神签的时候有个远影）
593 猴子和耙子的通缉令(后篇)
背叛的白色情人节
608 背叛的白色情人节（前篇）（开头园子的回忆）
609 背叛的白色情人节（后篇）
658 巧克力的热陷阱（TV原创）（开头园子的想象，41秒左右出现远影）
M15特典——名侦探柯南 新潟东京 礼物随想曲(园子送礼物给真，但是礼物送错了...）
工藤夫妇：
夫：
33 侦探团生还事件◆（回忆）
043 江户川柯南诱拐事件 （扮成黑暗组织成员出现）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件★
144 上野出发北斗星3号（前篇）（回忆）
145 上野出发北斗星3号（后篇）
163 月亮、星星与太阳的秘密（前篇）（回忆）
164 月亮、星星与太阳的秘密（后篇）（回忆）
192 危命的复活 新一回来了（回忆）
193 危命的复活 约定的场所 （回忆中年轻时优作向有希子求婚的场景，本集约定的场所是当初二人定情的地方）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）（回忆）
418 米花町阁楼的房屋◆（又化装，这次化装成老头）
437 上户彩和新一 4年前的约定◆（回忆）
472 工藤新一少年的冒险（前篇）
473 工藤新一少年的冒险（后篇）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决★
617 福尔摩斯的启示录（Love is 0）
621 福尔摩斯的启示录（0 is Start）（帮助柯南获取到罪犯所在区域的球票和联络警方布控）
690 工藤优作未解决的事件（前篇）（2013年3月9日播出）
691 工藤优作未解决的事件（后篇）（2013年3月16日播出）
剧场版
M 2 第十四个目标（14番目の标的/The Fourteenth Targe）（柯南回忆爸爸在夏威夷教自己射击）1998/04/18
M 6 贝克街的亡灵（ベイカー街の亡霊/The Phantom of Baker Street）2002/04/17
妇：
043 江户川柯南诱拐事件（本集中化妆成一位胖大婶，自称为柯南的妈妈，化名“江户川文代”）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件★（在新一的身份就快被兰识破时及时出现并解了围，之后卷入薮内家案件）
101 初恋情人回忆事件（前篇）（远影）
144 上野出发北斗星3号（前篇）（化名为“明智文代”）
145 上野出发北斗星3号（后篇）（同上）
193 危命的复活 约定的场所（回忆中年轻时优作向有希子求婚的场景中出现，本集“约定的场所”就是指二人订婚的地方）
250 偶像们的秘密（后篇）（冲野洋子好友草野薰提到自己希望像藤峰有希子那样二十岁闪电结婚）
279 迷宫的阴暗（前篇）（阿笠博士提到莎朗·温亚德的葬礼上有一位有名的日本女星参加，即工藤有希子）
284 中华街 雨中的似曾相似（前篇）（小兰提到有希子和莎朗是自己的偶像）
286 工藤新一NY事件（事件篇）（小兰在病中回忆和新一在纽约时所发生的事情，其中有有希子出现)
287 工藤新一NY事件（推理篇）（同上）
288 工藤新一NY事件（解决篇）（同上）
333 相似的公主（前篇）（受优作好友之邀回国解决案件，遇到好友妃英理）
334 相似的公主（后篇）（同上）
335 东都显影所的秘密（前篇）（带少年侦探团一行去显影所，并且发现小哀对柯南有好感）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原提到柯南的妈妈）
345 与黑暗组织的对决！满月之夜的双重推理★（化装成美杜莎，和假扮成透明人&工藤新一的服部平次一起参加幽灵船的万圣节晚会）
346 寻找屁股上的印记（前篇）（回忆中出现，提到帮柯南易容成哀检测上学路上没有跟踪的人）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（后奏曲）（柯南回忆小时候，妈妈弹琴）
418 米花町阁楼的房屋（易容成老太婆）
472 工藤新一少年冒险（前篇）（出现在柯南的回忆中）
473 工藤新一少年冒险（后篇）（同上）
490 工藤新一VS服部平次 滑雪场的推理对决★（回忆）
617 福尔摩斯的默示录（Love Is 0）（化装为一个陌生女子，暗中监视新一等人的行动并提供一些帮助）
618 福尔摩斯的默示录（撒旦）（同上）
619 福尔摩斯的默示录（Code break）（同上）
620 福尔摩斯的默示录（草场女王）（同上）
621 福尔摩斯的默示录（0 is Start）（帮助柯南获取到罪犯所在区域的球票和联络警方布控）
628 柯南与基德的龙马宝物攻防战（后篇）（柯南回忆）
贝尔摩得：
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）（首次登场，案件嫌疑人之一）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（坐在Gin的保时捷356A上离开，说出自己的组织成员身份）
230 谜一样的乘客（前篇）（化装成服务生，被Gin发现）
272 隐藏匆忙中的省略（后篇）（结尾处解释XXX的含意，并且把飞镖投向Sherry的照片）
279 迷宫的阴暗（前篇）（阿笠博士对柯南说克里斯·温亚德曾在母亲葬礼出现）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
339 四台保时捷（后篇）（找到Sherry的下落，烧掉Sherry的照片）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）（窃听柯南与哀和阿笠博士等人的对话）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）（到机场接卡尔瓦多斯）
345 与黑暗组织的直面对决 满月之夜的二元推理（说出假扮新出医生，知道柯南、哀的真正身份之 事；杀茱蒂、哀未遂；保护柯南和兰，并向柯南承诺放弃追杀Sherry）
394 奇妙房屋的大冒险（封印篇）（开端出现）
425 黑色冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间（参与组织暗杀任务，保护毛利小五郎和柯南）
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星（询问目击基尔车祸的男孩）
497 红与黑的碰撞 觉醒 （与Gin讨论救出基尔的计划）
499 红与黑的碰撞 伪装（骑摩托车出场，被柯南、秀一看到）
500 红与黑的碰撞 遗言（参与救出基尔的行动）
501 红与黑的碰撞 嫌疑（与基尔可怕的对视，怀疑基尔）
504 红与黑的碰撞 殉职（骑着摩托，试探刺杀秀一结果，在最后说：“不需要两发，银色子弹，一发就足够 了。”）（当时的秀一已经被水无怜奈所杀，其中一发就是秀一，不过至今生死不明）。
581 摇曳的红色目标（骑着摩托出现在Gin的保时捷旁边，向Gin传达Boss的命令）
674 侦探们的夜想曲（波本）（在天桥上与波本通话，认为波本已经得到信任，并提醒他不要忘记和自己的约定）
黑衣组织：
001 云霄飞车杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑衣组织十亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 神秘的乘客（前篇）
231 神秘的乘客（后篇）
271 隐藏匆忙中的省略（前篇）
272 隐藏匆忙中的省略（后篇）
286 工藤新一NY事件（事件篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）*
290 光彦森林迷失记（后篇）*
307 遗留的无声证言（前篇）
308 遗留的无声证言（后篇）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追迹篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
338 四台保时捷（前篇）
339 四台保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
345 与黑暗组织的直面对决 满月之夜的二元推理
425 黑色冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
563 侦探团VS劫匪团 骚动
564 侦探团VS劫匪团 沉默
578 召唤危机的红色前兆
579 黑色与13的暗示
580 逼近的黑之时限
581 摇曳的红色目标
667 婚礼前夜（前篇）*
668 婚礼前夜（后篇）*
671 侦探们的夜想曲（案件）*
672 侦探们的夜想曲（绑架）*
673 侦探们的夜想曲（推理）*
674 侦探们的夜想曲（波本）
681 命悬一线的恋爱转播（转播开始）*
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入）*
只有这样的，你的要求太苛刻，动漫集数又多，另外，主线一般都是贝尔摩得和黑衣组织的所以我不写了。可怜可怜我，把分给我吧。
红与黑的碰撞（特别篇，设计到黑衣组织和FBI）、 怪盗基德的瞬间移动和怪盗基德的惊人漫步（怪盗基德）、柯南VS平次的东西（服部合叶，很搞笑的一集）、江户川柯南诱拐事件（优作和有希子）
楼主您好 很高兴回答您的问题！
楼主啊 他们的出场百度百科真心都有啊 很全的
服部平次 http://baike.baidu.com/view/21534.htm
远山和叶 http://baike.baidu.com/view/21564.htm
工藤新一 http://baike.baidu.com/view/4459.htm
其他人的我就不列举了
精彩集数（包括主线）能否留下您的邮箱？我给您发过去 因为有很多 包括看点介绍
宫野厚司与宫野爱莲娜结婚，进入黑衣组织，参与进行APTX4869的研究。后生下宫野明美与宫野志保（即灰原哀、雪莉/Sherry），后“意外死亡”。志保到美国留学，之后回到日本继续APTX4869的研究。真实身份为黑衣组织杀手的莎朗·温亚德（贝尔摩德/Vermouth）杀害了一直在调查组织的FBI探员（即茱蒂·斯泰琳的父亲），并放火烧了茱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的茱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。莎朗对小茱蒂说的"A secret makes a woman woman”（女人因秘密而美丽）令她印象深刻。身为女明星的莎朗·温亚德和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（黑羽快斗的父亲，第一任怪盗基德）学习易容术，两人因此相识，并成为好友；女明星莎朗·温亚德会变声和易容，而工藤有希子只会易容。
286-288 工藤新一纽约事件 新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老汇的歌剧“金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘出租车回酒店。路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一）莎朗假造了自己的死亡，以女儿克里丝的假身份继续生活下去。
307-308 遗留下来的无声证言 龙舌兰找到了板仓卓，命令他开发一种系统软件。遭到了板仓卓的拒绝。黑衣组织骚扰板仓卓，最后迫使他就范。
1 云霄飞车杀人事件 新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小。
2 董事长千金绑架事件 阿笠博士知道新一的真实身份。工藤新一决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学。
4 大都会暗号地图事件 少年侦探团成立。
5 新干线爆破事件52 雾天狗传说杀人事件 漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
13 奇怪的寻亲杀人事件 漫画中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
43 江户川柯南诱拐事件 工藤夫妇得知柯南身份。
48-49 外交官杀人事件 服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54 电玩公司杀人事件 柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但其被炸死。
57-58 福尔摩斯迷杀人事件 服部平次知道柯南身份，并开始合作。
128 黑暗组织10亿抢劫事件 灰原哀的姐姐宫野明美被琴酒杀害。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学。
130-131 竞技场无差别胁迫事件 灰原哀透露组织半个世纪前已经策划某个大计划。
176-178 与黑暗组织的再会 柯南和灰原在放学回家的路上，发现了琴酒的保时捷车，于是对其进行跟踪，却被琴酒发现了车上装的跟踪器。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为Pisco的成员进行暗杀活动。柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了Pisco，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。匹斯可在暗杀得手后偶见到灰原，认出了她是雪莉，于是用麻药迷昏后藏在饭店的酒窖里。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干。于是灰原也变回了成人体形，并因此得以从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼。在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻醉枪击中了琴酒，同时灰原再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。既而匹斯可终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而匹斯可则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被琴酒灭口。（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
170-171 黑暗中的死角 新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
188-193 危命的复活 柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及茱蒂老师发现。
226-227 格斗游戏的陷阱 茱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是茱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）。
230-231 神秘的乘客 本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而茱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是茱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德）。
242 元太的灾难 灰原哀提到琴酒是左撇子。
253-254 本厅刑事恋爱物语4 新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259 来自芝加哥的男子 柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南为福尔摩斯、Cool Guy。
269-270 犯罪的纪念品事件 目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。
271-272 匆忙之中的忽略 柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
277-278 西部名侦探vs英语老师 案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀。另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。
284-285 中华街雨中的似成相识286-288 工藤新一纽约事件 毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事。
289-290 光彦森林迷失记 灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-308 无声的证据 小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。
309-311 与黑色组织的接触 柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被Gin抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）。
329-330 金钱买不到的友情 阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336 东都现象所的秘密 少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
338-339 四辆保时捷 哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和茱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。
340-341 厕所里隐藏的秘密 博士家被窃听，博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员“卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。
343-344 便利店的陷阱 茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进茱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。另一方面，贝尔摩德不向兰开枪并叫她angel，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给Boss/那位先生/组织头目发邮件时的按键音）。
346-347 寻找屁股上的印记 灰原哀拒绝了证人保护计划。
361-362 帝丹高中校园灵异事件 真正的新出医生回归。
374-375 星星和香烟的暗号 山村警官给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县。
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。
394-396 奇异屋宇大冒险 柯南得知Boss的手机号。
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间 小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。
随后，黑色组织制定了于下午1点在艾迪P暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。（在这一集中，出现了两个新黑衣组织成员：狙击手基安蒂、科恩）
429-430 无法回头的二人 本堂瑛祐登场。
462-465 黑暗组织的影子 贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。
484-485 黑色照片的去向 柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片。本堂瑛祐及水无怜奈的身份越来越清晰了。
491-504 红与黑的碰撞 本堂瑛祐总给柯南不好的感觉。他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
507-508 卡拉OK包房的死角 本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
509 红白黄色与侦探团 水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本（Bourbon)。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
511 推理对决！新一VS冲矢昴 柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
521 杀人犯 工藤新一 工藤新一第三次恢复。
542-543 鱼儿消失的一角岩 灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。
563-564 侦探团VS强盗团 脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。（根据漫画，此人为右撇子）赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581 召唤危机的红色前兆、黑与13的暗示、逼近的黑色时刻、红色的摇摆目标 疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条（究竟是谁留下的并没明确指出，但茱蒂认为是赤井秀一留下，且伤疤男即是赤井秀一）。此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。
616-621 福尔摩斯的默示录 工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
622-623 紧急事态252 阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。
646-647 幽灵旅馆的推理对决648-650 侦探事务所笼城事件 自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中。
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决 茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657 博士的视频网站 世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668 婚礼前夕 自称侦探的安室透登场，在事件解决完毕后自愿成为小五郎的弟子。
671-674 侦探们的夜想曲 冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676 一丁点都不原谅 世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
683 命悬一线的恋爱转播（现场突入） 结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024