C语言中int a[3][4]={{3},{},{9}};是正确的吗？编译器不成功啊。

这个符合c语言的语法的，可能是你的编译器的问题吧；我用如下程序进行了测试：

     #include 

     int main(int argc, char *argv[])

     {  int a[3][4]={{3},{},{9}};

        int i,j;

        for (i=0;i<3;i++)

         { for (j=0;j<4;j++)

            printf("%d   ",a[i][j]);

            printf("\n");

         }

        return 0;

     }

怎么可能是正确的呢！！
你这个是个二位数组，所谓二位数组就是相对一维数组而言的！
举个例子吧？
比如：int a [3][4];
那么这个二位数组就有3*4=12个元素；
分别是a[0][0];a[0][1];a[0][2];a[0][3];
a[1][0];a[1][1]a[1][2]a[1][3];
a[2][0]; a[2][1]; a[2][2]; a[2][3];
也可以这样写：
int a[3][4]={{a[0][0];a[0][1];a[0][2];a[0][3]}, a[1][0];a[1][1]a[1][2]a[1][3],a[2][0]; a[2][1]; a[2][2]; a[2][3];}
就是把它看成一个一维数组，共有3个元素，但又在每个元素当中又有4个元素！！！

不正确！
{}表示一个数组，你的二层数组里，要么只有一个数据，要么没有，是不能赋值的，我改了下，这样就应该可以了：
int a[3][4]={{3,-1,-1,-1},{-1,-1,-1,-1},{9,-1,-1,-1}};

是你的编译器问题，不同编译器会有不同结果。我的GCC编译器是没有问题的。
理论上这样的初始化也是没有问题的，说元素个数不够的估计基本知识不及格吧。。。就是相当于给二维数组里面的一维子数组赋初值而已，单个数字是赋值第一个元素，空代表不赋值由编译器进行默认初始化。