不同户主的户口本代表不同的家庭单位，那么你们有两个户口本的意思是有两个户主，所以你们这两个户口本上的户籍地址应该是不一样的，就代表有两个家庭单位，同一个地址只能有同一个户主的户口本。如果你们两个户口本的地址是一样的，那么户主应该是一样的。那个没关系，只要交几块钱，由户主本人带身份证就可以把其他人员也打印在同一个户口本的不同户口页上。
看到你的补充问题，提到房子问题，一套单人产权的房子户主是产权人，共同产权的，可以是双方任何一个产权人做户主，一般是男性做户主，只是惯例，不代表什么。
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