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the same chemical elements that are in (matter originating) (on earth)
the same chemical elements that are in matter originating: 组成物质的相同化学成分

matter originating 这里是动名词词组，原语序是 originate matter: 组成物质
the elements in sth/doing sth/V-ing 在…中的元素/成分

我怎么觉得句子中间应该还有一个介词of
in matter of
与…有关

elements后面是一个定语从句来修饰

matter物质
所以that are in matter originating on earth是个定语从句，修饰elements，翻译过来就是：存在于来源于地球的物质当中（的元素）。
matter后面跟了一个现在分词短语（originating on earth)做后置定语，修饰它。

IN MATTER的意思是在物质中.。

有一句话是说：we may define chemistry as the science in which we deal with the chemical change IN MATTER AS A RESULT OF which it is possible to form a new substance.
译文:我们可以说,化学是论述物质化学变化的科学,通过化学变化可能获得新的物质.

matter originating ,物质来源。断句错了。
chemical elements（ that are in matter originating on earth,）来源于地球上的化学元素