分子标记大多以电泳谱带的形式表现, 大致可分为三大类。
第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术, 包括:(1) 限制性片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphism, 简称 RFLP 标记); (2) DNA 指纹技术(DNA Fingerprinting); (3) 原位杂交(in situ hybridization) 等;
第二类是以 PCR 反应为核心的分子标记技术, 包括:(1) 随机扩增多态性 DNA 标记(Random amplification polymorphism DNA, 简称 RAPD 标记); (2) 简单序列重复标记(Simple sequence repeat, 简称 SSR 标记) 或简单序列长度多态性(Simple sequence length polymorphism, 简称 SSLP 标记); (3) 扩展片段长度多态性标记(Amplified fragment length polymorphism, 简称 AFLP 标记); (4) 序标位(Sequence tagged sites, 简称 STS 标记); (5) 序列特征化扩增区域(Sequence charactered amplified region, 简称 SCAR 标记) 等;
第三类是一些新型的分子标记,如: (1) 单核苷酸多态性(Single nuleotide polymorphism, 简称 SNP 标记); (2) 表达序列标签(Expressed sequences tags, 简称 EST 标记) 等。
此类标记技术是利用限制性内切酶解及凝胶电泳分离不同的生物 DNA 分子,然后用经标记的特异 DNA 探针与之进行杂交,通过放射自显影或非同位素显色技术来揭示 DNA 的多态性.