生化危机5紧接4的结尾,Jill下令格杀勿论。在船上爱丽丝开始奋力反抗。保护伞派出的一架飞机的飞行员被爱丽丝打中而亡,飞机坠毁,爱丽丝也被炸入水中,昏迷。在这个时候,在保护伞公司水下基地的郊区模拟生化实验室里爱丽丝的克隆体苏醒,她在实验室中的身份是一名郊区的妇人,生活平静,幸福美满,还有一个可爱的女儿名叫becky。此时她正躺在自家的床上,被她的丈夫叫醒(实验室里所有的人事物都是被克隆的,实验室存在的目的是找寻出控制生化危机的根本方法。保护伞公司给予了他们对生化危机的本能反应)。此时实验室开始运作,大量僵尸在克隆体家中出现。丈夫与僵尸对峙,克隆体和她的女儿逃了出去。(女儿、丈夫均为克隆体,丈夫原为生化2和3里出现的卡洛斯,在3中已死亡,此处为克隆体)在街上被一个开车的女人救下(她是原生化危机1中小分队成员Rain,此时出现的是克隆体,本体已死亡)。结果一不小心翻了车,那个女人晕倒,爱丽丝克隆体跟她女儿继续逃亡。她们逃进了一个屋子,但僵尸依旧闯了进来,爱丽丝克隆体为保护女儿,奋力与僵尸搏斗。结果被她变异的丈夫咬死了。正在这时爱丽丝本体苏醒,发现自己被囚禁于保护伞公司的牢房内。Jill登场(她已被保护伞公司控制,失去了之前一切的记忆),Jill冰冷地质问爱丽丝问题,爱丽丝若是文不对题,Jill就放出难以忍受的噪音去折磨爱丽丝。几次轮番之后,有人攻进保护伞公司的电脑,Jill沉睡(电脑暂时休克了)。爱丽丝被释放并得到了一套黑色衣服穿。不久后Jill苏醒,下令用激光杀死爱丽丝,但并未成功,爱丽丝进入了东京模拟实验室(这里的场景原为生化危机4开头一个穿蓝色衣服的女的变异咬人,此为场景复制,均为克隆),与僵尸大战了一番之后,碰到了艾达,并得知攻入电脑的人是威斯克,威斯克解释了一番这里的情况。并派一支小分队来协助艾达跟爱丽丝逃离这里。(小分队成员里有卢瑟•威斯特,在4中死里逃生)但没多久红后又重新掌控了基地。艾达与爱丽丝开始逃跑。Jill开始追杀。逃亡过程中,艾达与爱丽丝对抗两个巨斧僵尸(4里出现过的)。途径郊区实验室发现了克隆体女儿,整顿过后刚想走就碰上了Jill带领的小分队,便展开激战(小分队的人也均为克隆体)。艾达为保护爱丽丝而被Jill抓住做人质。爱丽丝与克隆体女儿逃跑,路上又遇到了那个开车的女人。经过商量后爱丽丝把女儿暂时交给那个女人保护去寻找卢瑟,里昂等人。与卢瑟小分队汇合后,又遭到大型舔舐者地追杀。千钧一发爱丽丝开车逃出,舔舐者被压在废墟下。爱丽丝与小分队的人回去寻找女儿和那个女人并一起逃走。但在电梯上大型舔舐者再度逃脱出现掳走了克隆体女儿并杀死了那个开车的女人。正当爱丽丝出发去救女儿时,Jill等人追上,里昂,卢瑟,barry(小分队一员)留下,双方开始激战。(barry为了保护里昂卢瑟死了)爱丽丝爬上楼梯与舔食者对抗。爱丽丝开枪打得舔食者暂时昏厥。救出女儿后继续逃跑(同时捡到了炸弹),逃到了保护伞的克隆库 (里面全是克隆体),此时舔食者追上,千钧一发之际,爱丽丝用炸药炸死了大型舔舐者同时炸毁了克隆库。昂进入基地前安装的炸药也爆炸,但爱丽丝等人都幸存。当他们返还到地面时,却再度遇上Jill与Rain还有艾达。Rain注入los寄生虫病毒,变的力大无穷。双方激战,卢瑟被rain一记重击死去,Jill胸口的蜘蛛被爱丽丝拿掉恢复意识。最终爱丽丝开枪打破冰面rain被僵尸拖入水中。爱丽丝晕倒,醒来后已经乘坐在去见威斯克的飞机上,威斯克再次向爱丽丝体内注射T病毒,并携手合作,展开人类的最后一战。完