浅海海洋生态系统与深海海洋生态系统都是海洋生态系统的组成部分。相互之间存在能量-物质交换。
浅海海洋生态系统与外界的能量、物质交换频繁,并且存在大量的光合作用,底生植物较多,是具有生产者、消费者和分解者的完整生态系统;
深海海洋生态系统在海面和深海差异很大,海面主要是浮游生物和取食的动物,具光合作用,存在生产者和消费者,而海洋深处则相对封闭,无光合作用,氧气含量低,除了部分地域存在化学能自养生物合成,其它部分则主要由消费者与分解者构成,有机物的来源主要来自于海面和浅海,并且构成物种与浅海海洋生态系统差异较大。生产者与分解者主要分别处于不同深度的部分。