（1）有机肥所含养分不是万能的。
有机肥料所含养分种类较多，与养分单一的化肥相比是优点，但是它所含养分并不平衡。
（2）有机肥分解较慢，肥效较迟。
有机肥虽然营养元素含量全，但含量较低，且在土壤中分解较慢，在有机肥用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要。
（3）有机肥需经过发酵处理。
许多有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，有些有机肥料含有不利于作物生长的有机化合物，所以均应经过堆沤发酵、加工处理后才能施用，生粪不能下地。
（4）有机肥的使用禁忌。
腐熟的有机肥不宜与碱性肥料和硝态氮肥混用。
注意选择优质的有机肥。优质的有机肥是蔬菜优质高产的基础，而现在菜农施用的有机肥，大都是买来的商品有机肥，质量普遍较差，有些甚至掺杂了城市污泥、生活垃圾等，根本就达不到有机质含量的标准。即使是一些买来的鸡粪，也有不少掺杂了泥土，或被一些不法商贩掺入了火碱 （用于增加体积），这些劣质有机肥施入土壤后，效果可想而知。因此，生产中一定要选用优质的有机肥，选用商品有机肥时最好选用正规大厂生产的。
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