先分学科领域整理，将不同的学科的文献分布放在不同的学科内。这是粗略的整理。第二步要进入各个学科领域细分整理，可以根据文献格式，按格式不同分别整理；也可以根据文献的相关性按主次分别整理；或者根据文献的出版时间，出版商等进行整理。主要是不知道你整理学术文献的目的是什么。
至于总结，不太懂你说的总结是什么意思？是总结学术文献吗？
如果是单纯的想要管理好大量的学术文献，建议你直接用文献管理工具进行管理。目前比较受欢迎的文献管理工具内，笔杆网的学术文献管理和参考文献管理做得比较好，而且这个网站本身也有非常多的学术文献可以进行检索。
分条分类，分清类型
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