SCSP-303-人胚胎干细胞系（HN4），3115CNCB00758-人胚胎干细胞系，SCSP-202-小鼠胚胎干细胞系，SCSP-302-人胚胎干细胞系，SCSP-301-人胚胎干细胞系，SCSP-204-小鼠胚胎干细胞系，SCSP-203-小鼠胚胎干细胞系等等
通常将干细胞分为全能干细胞（如胚胎干细胞可以分化形成所有的成体组织细胞，甚至发育成为完整的个体）、多能干细胞（具有多向分化的潜能，可以分化形成除自身组织细胞外的其他组织细胞，如造血干细胞、神经干细胞、间充质干细胞、皮肤干细胞等）和专能干细胞（维持某一特定组织细胞的自我更新，如肠上皮干细胞）。
从种属上，有小鼠 、猪、牛、兔、灵长类等动物的干细胞系。
从来源上，有胚胎干细胞系，iPS诱导多能干细胞系等。
常见的有：小鼠胚胎干细胞系（M1），人胚胎干细胞系（H9)，H9来源的人神经干细胞系，WB-F344 大鼠(Fischer344)肝干细胞等。
按分化潜能：全能干细胞，多能干细胞，单能干细胞
按发育状态：胚胎干细胞，成体干细胞
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