内地母公司（国营企业）在西藏成立了独立的子公司（独立法人单位）子公司和另一公司（独立法人单位）成...

有点绕口啊！我们捋一下。
一是你的工作履历：你先到A公司工作，后调动到B公司工作，然后参加C公司的关联工作，并由C公司开工资；
二是你工作单位的性质：你现在工作的单位是股份公司，我们简称C 公司，是B公司的一个下属合资股份公司，而B公司是A公司的子公司，之所以用ABC，是因为三家企业都是独立法人单位。
三是劳动关系的界定问题：你与A公司签订的劳动合同，其余的劳动合同没有签订过，期间一直在发工资，是由A、B、C在发工资。

那么由此，可以回答你的三个问题：
一是，你与C公司肯定有劳动关系，因为C公司正在给你发薪，而且你也在为它工作，至于你于AB公司的劳动关系就有难度了，因为他们都是独立法人单位，你不可能同时与三家企业有劳动关系，换句话说是终止了A公司后才与B有关系，终止了B以后，才与C有关系的。
但是基于ABC的股份和所属关系的事实，即你以工作调动的形式或企业需要的原因造成的工作单位转换，你可以 认为或主张 你的劳动关系是自与A公司签订劳动合同之日起，而非自与C起，我想国有企业在这个问题上应该不会为难你的，但别闹僵了。
二是，你的养老保险转移的问题，这个很简单啊，直接转就行了，还仲裁什么啊，直接由你单位的人力资源部门和地方社保部门联系，就可以转移养老保险了，没什么问题啊！但是西藏的养老保险转移办理的周期很长，没有个一年半载的转不出来，要慢慢办。