菌种是微生物的种子资源，一种微生物的每一个不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株
菌株是一种菌类系列中一个品种。而菌种则是用于繁殖的种子。例如有个叫做“2026”的品种就是平菇系列中的一个菌株。而用于栽培接种用的种子就叫菌种。
