补交了2000元的增值税，还应主动去地税补交城建税及教育费附加、地方教育费附加。罚款、滞纳金列入“营业外支出”，但在年终企业所得税汇算时，记得要进行纳税调整哦，这是现行会计制度和税法之间的差异，目前只有这样处理，核算上按会计制度，纳税申报时按税法规定。
1、首先您要查看或者跟税务局沟通，不交的2000元增值税是哪个地方的会计核算出现了失误，调整账面数据。再者，罚款2000元和滞纳金400元列入营业外支出，贷方银行存款。
2、补交的2000元增值税需要缴纳相应的城建税和教育费附加，罚款和滞纳金不能再计算企业所得税前扣除。
增值税计应交税金，应净增值税（销项），罚款和滞纳金计营业外支出
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