第一个问题：
你可以查一下软件当中的余额表是不是这样。没有实际遇到过用友的用户出现这种问题。如果也是跟纸质的相同就是软件问题了。
第二个问题比较好解释。
用友的年度之间是相对独立的，底层的数据库是分开的。从此操作角度讲 软件允许直接手工修改2012年初余额的，这可能是两年的衔接数字不一样的实际原因。如果通过软件直接结转 肯定一样。
从你的描述看 帐套的数据被手工修改过的可能性较大
你用的不会是盗版的吧
要不就是以前做帐的人弄错了，反正用友在账套结转下一年度的时候，可以修改期末数的
现在库里有问题，出现了有错误标记的数据，非专业人士请不要随便动数据库。
建议您联系之前做账的公司或个人，让他解决12年的期初问题。
期初有问题，需要修改
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