自考的秘书学本科学历没有学位证可以报考新疆大学吗?

可以报的。
你可以仔细看下招生简章。
比如下面是新疆大学2012年的研究生招生简章

一、报考条件
（一）报名参加硕士研究生全国统一入学考试的人员，须符合下列条件：
1.中华人民共和国公民。
2.拥护中国共产党的领导，愿为社会主义现代化建设服务，品德良好，遵纪守法。
3.年龄一般不超过40周岁（1971年8月31日以后出生者），报考委托培养和自筹经费的考生年龄不限。
4.身体健康状况符合国家和招生单位规定的体检要求。
5.已获硕士或博士学位的人员只准报考委托培养或自筹经费硕士生。
6.考生的学历必须符合下列条件之一：
（1）国家承认学历的应届本科毕业生。（2）具有国家承认的大学本科毕业学历的人员。（3）获得国家承认的高职高专毕业学历后，经2年或2年以上（从高职高专毕业到2012年9月1日，下同），达到与大学本科毕业生同等学力，进修过与报考专业相同或相近本科阶段5门本科主干课程，成绩合格（需提供有效成绩证明）。（4）国家承认学历的本科结业生和成人高校（含普通高校举办的成人高等学历教育）应届本科毕业生，按本科毕业生同等学力身份报考。（5）已获硕士、博士学位的人员。
自考本科生和网络教育本科生须在报名现场确认截止日期（2011年11月14日）前取得国家承认的大学本科毕业证书方可报考。在校研究生报考须在报名前征得所在培养单位同意。
（二）专业学位硕士研究生全国统一考试的报考条件按下列规定执行：
1.报名参加法律硕士（非法学）专业学位研究生招生考试的人员，须符合下列条件：
（1）符合（一）中的各项要求。
（2）在高校学习的专业为非法学专业（普通高等学校本科专业目录法学门类中的法学类专业[代码为0301]毕业生不得报考）。
2.报名参加法律硕士（法学）专业学位研究生招生考试的人员，须符合下列条件：
（1）符合（一）中的各项要求。
（2）在高校学习的专业为法学专业（仅普通高等学校本科专业目录法学门类中的法学类专业[代码为0301]毕业生方可报考）。
3.报名参加工商管理硕士、公共管理硕士、旅游管理硕士专业学位研究生招生考试的人员，须符合下列条件：
（1）符合（一）中第1、2、3、4、5各项的要求。
（2）大学本科毕业后有3年或3年以上工作经验的人员；获得国家承认的高职高专毕业学历后，有5年或5年以上工作经验，达到与大学本科毕业生同等学力的人员；已获硕士学位或博士学位并有2年或2年以上工作经验的人员。
4.报名参加除法律硕士（非法学）、法律硕士（法学）、工商管理硕士、公共管理硕士、旅游管理硕士外的其他专业学位研究生招生考试的人员，须符合（一）中的各项要求。