C8051F340单片机的开发板的开发板和仿真器我都没有用过，但是用过MSP430和STM32的，我觉得应该都差不多的吧。（1）程序应该是下到单片机的FLASH或者其他存储介质里面去了，仿真器是没有存储功能的。（2）程序烧录与否要看你的编译软件设置，是否为仿真和下载程序。如果只是仿真就没有烧进去，要是都选了，就是烧进去了，下次上电程序也是在的。顺便说一句，仿真器是提供在线调试功能的，无论单片机里面有没有程序，要想在线仿真调试都得需要仿真器。你说的调试应该是上电后只是看开发板的演示效果吧，和在线仿真调试是不一样的。（3）这个问题就扯淡了，没有目标板，仿真器的存在是没有意义的。
以上字字手打，希望对你有帮助
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