OD值很好只能代表你的纯度高并不能代表你提的完整。所以RNA降解可能是你提的时候就降解了,也可能是跑胶的时候降解的。假设你提取的是完整的RNA,可能出问题的步骤有以下:1.loading buffer ,确定是使用的RNA 专用的,且使用步骤是按说明书来的(有些是需要加热,冷却等步骤)
2.电泳时间长,需用的电泳电压不恰当
3.电泳液配置,电泳液中可能含RNA酶,将你的样品降解。
总之,降解可能是很多原因造成的,我没看到你的电泳图,也不知道你怎么提取得,不好确定到底是什么原因,你可以加我恰QQ272228132,可以讨论下。
这样说吧,260/280是RNA质量合格的必要条件,但不是充分条件。
即使RNA降解成碎片了,260/280的值依然很好,它反映的只是RNA的一个纯度,并不能反映RNA结构的完整。
检验结构完整经典的方法就是跑胶,如果降解了,只能说明抽提失败。
当然前提是你的电泳器材不能有污染,建议梳子、船、跑胶板之类的耗材要定期清洁(可用0.1%DEPC溶液或20%双氧水浸泡过夜),将RNA电泳的耗材分类保存。
缓冲液最好是鲜配的,放久了会长菌。。
电泳槽,梳齿等器具应该做无RNA酶处理,建议使用华越洋的外源RNA酶清除剂,稀释1000倍,浸泡5分钟后使用。
提高电压,让电泳时间再短些。。。或者样品里面加RNA酶抑制剂处理。。
如果是提取过程中导致的降解,建议:
trizol法的,研磨后trizol要足量,液氮要完全覆盖被研磨的样品。试剂盒(ctab,sds法),细胞裂解液要足量,药剂里面的很多成分能抑制内源性RNA酶活性。
耗材,台面器具要做无RNA酶化处理,戴口罩,手套。。。楼主加油!
配个浓度低的胶,0.5%,提高电压,速战速决。电泳液要新换,loading buffer 也要新换。
最近天热,跑之前电泳液最好是凉的,不行的话,在电泳仪的的外面放些凉水,总之让温度降下来点。