想北京两日游，计去鸟巢、水立方（是不是外面广场照相？不购票能到多近？）清华北大，看升旗、国博、天坛

按你的行程，建议第一天游览圆明园、颐和园、清华北大、鸟巢、水立方，这几个景点之间的距离相对较近。
交通方式建议选择地铁加地面公交相结合的方式，既省钱又节省时间。
具体交通建议是这样，因为考虑到鸟巢和水立方你只想在外面的广场照相，如果不想买票进去，那建议晚上去。鸟巢和水立方的夜景是很漂亮的。加上奥林匹克公园的夜景，是拍照的不二选择。但现在夜景照明是否开启我就不是很清楚了。遇重大节日肯定是开的。而且从奥林匹克公园返回你的驻地交通也很方便。
乘车建议：第一站：颐和园
天安门西乘地铁一号线（去往苹果园方向）在复兴门站换乘地铁2号线（内环）在西直门站换乘地铁4号线（去往安河桥北方向）在西苑站下车（A西北口出站），步行可以到达颐和园新建宫门。但步行距离可能稍远，也可在西苑站乘公交952路到达颐和园新建宫门。建议你出园时考虑从颐和园北宫门出园。
第二站：圆明园
颐和园北宫门出乘地铁4号线在圆明园下车（C西南口出站），步行230米至圆明园南门。游览完之后建议还从圆明园南门出园。
第三站：清华大学
从圆明园南门可步行至清华大学西门，距离较近，直接问问路人怎么走就可以了。
第四站：北京大学
从清华大学西北至北京大学东门距离大概800米，步行可以直接到达，也可乘公交614、696等等很多路车到中关园下车。即可到达北京大学东门。建议从北京大学西门出。
第五站：鸟巢、水立方
从北京大学西门乘坐公交运通106路（或333、608、718）在中关村西站换乘运通113（或740、983）在亚运村站下车，步行810米就可以到达鸟巢和水立方。
从鸟巢返回驻地可乘坐地铁8号线（北土城方向）在北土城站换乘地铁10号线（劲松方向）在惠新西街南口站换乘地铁5号线（宋家庄方向）在东单站换乘地铁1号线（苹果园方向）在天安门西下车。（不必担心地铁换乘，北京地铁只要不出站，在地下无论换乘多少次都是2元钱单一票制，无其他收费。也就是说，只要花了两块钱，就可以在北京城地下转上一圈）
地面公交可以选择乘坐82路在天安门东下车。
全天行程景点较多，时间比较紧张，但考虑到你只有两天时间，也只有这样了。
第二天的行程相对轻松很多，你可以早上看升旗，之后去国博、天坛、北海、东单、西单、王府井购物
国博就不用说了吧，就在天安门广场。
天坛乘车路线：从天安门西乘坐地铁1号线或直接步行至天安门东站乘2路到达天坛西门下车
北海乘车路线：天安门乘坐专2路直达
东单、西单、王府井无需过多解释，以天安门为界，东西长安街，往东就是东单，往西就是西单，王府井大街在东单。公交车、地铁很多都经过且停站。

看你火车什么时候到了 = =！
如果非得从早上算的话，那就早起去看升旗，然后去前门大街逛逛，前门步行再去天坛公园，从坛公园逛完了，从东门出去，坐地铁5号线惠新西街南口下车换乘地铁10号线，北土城下车换乘地铁8号线然后往北走过四环路就是鸟巢水立方了。这样差不多你也就一整天逛的差不多了。然后回去的还是8号线地铁换10号线，再换5号线，东单站下车，换乘地铁1号线，王府井下车，可以看看王府井商业街，然后步行去天安门看夜景。差不多了也就回去休息吧。
第二天做地铁1号线到西单换乘地铁4号线，北京大学东门下车，附近就是北大清华。圆明园在北边，随便什么公交都到，去颐和园就继续坐地铁到北宫门下车，往南走就是颐和园了。
两日游紧点呵呵~
其实北京景山不错，有时间去看看，小土山不高，可以看遍全北京。而且北京周边的山区也非常漂亮。

D1：清华北大—颐和园——圆明园—西单
D2：天安门升旗—国博—天坛—鸟巢水立方

很近