可可西里自然保护区大部分在109国道以西，109国道只是在它的东边缘。在109国道上有五道梁保护站和索南达杰保护站。
其中五道梁保护站在格尔木市以南约260公里，海拔4680米。索南达杰保护站距离格尔木市约300公里，海拔4480米。两个保护站都在109国道边上，距离国道不超过50米。其中五道梁是一个小镇了，索南达杰保护站孤零零地在路边。
可可西里保护区平均海拔4500米左右。
