网上认证系统操作步骤如下：
打开网上认证系统软件；
选择纳税人；
扫描专用发票----认证发票----下载打印通知书。
一般步聚如下：
1、电脑联网，扫描仪正常连接运行。
2、打开相关“网上认证程序”，找到相关“网上认证采集模块”，执行“发票扫描录入”，将需要认证的增值税专用发票抵扣联，逐一放置扫描仪中扫描采集；
3、每批次扫描采集完后，执行程序界面上的“保存”，通过“网上认证程序”中“信息发送”按钮发送上传到国税机关，待反馈信息，及时获取成功信息后，则通过认证；不符者，仔细校对再执行上述步聚（也可通过手工录入校正）；
如果企业自己有认证的软件,直接把发票放入扫描仪内,登录进去后扫描就可以,如果没有软件,那么可以直接带发票去税务局扫描.
打开扫描仪，放入发票抵扣联，在电脑上打开软件，点击扫描，即可！
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