是的，可以申请退税。
请参阅最新的财政部与国税总局联合发布的
财税[2012]39号
关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知
中的一（二）2内容
2.出口企业经海关报关进入国家批准的出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、珠澳跨境工业区（珠海园区）、中哈霍尔果斯国际边境合作中心（中方配套区域）、保税物流中心（B型）（以下统称特殊区域）并销售给特殊区域内单位或境外单位、个人的货物。
如果这个“国内的出口加工区”是指保税区的话，那么肯定要办理与出口相同的报关手续，如果是这样的话，那么就可以视同商品外销，申请退税。
如果把国产的货物销售到国内的出口加工区，而没有上述出口报关这样的手续，那么就不可以视同商品外销，也不可以申请退税。
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