问题是在于你们公司是否是实行的标准工时制度，也就是通常说的5天8小时，因为，这是一种最普通的工时制度，除了这种制度以外，其他的工时制度都是要到劳动部门备案，经同意才生效的。
也就是说，现在问题的关键在于不知道你们公司有没有拿到劳动部门备案，如果没有，就算是他擅自改动你们计算加班工资的方法也是没有效力的。到真正发生争议的时候还是按照标准工时制，即每个月20.92天来计算加班工资的基准。
如果有备案过，经劳动部门许可以后，那就是按特殊的工时制来执行，这个是可以的。但是，如果真的超过了一定的工作强度（当然一般经过备案的这种可能性不大），那也不行。
在中国 劳动法就是一张纸
我在台资企业上班深有体会
你们公司算幸福了！
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