蘑菇菌棒不一定是有机肥，因为它仍然是活的菌棒，只有在被粉碎之后，进行再次生物发酵后，才有可能成为有机肥。如果直接施入田间，会烧死秧苗的，水生作物在使用量低的情况下还好，如果使用量大了，水生作物也会死亡的。它的发酵产生酸性物质是致死的主要原因。所以，蘑菇废菌棒是需要经过再次发酵后才可以作为有机肥。
