严格来说都是聪明人，没法比较。
从演义来说，诸葛亮精通军政，又会奇门遁甲，一个空城计唱的司马懿颜面扫地，所以在演义里诸葛亮能力要高于司马懿。
从史实来说，诸葛亮论智谋比不上法正，因此可以看做是萧何一样的政客，而军事上除了主导北伐，实际上并没有带过兵打过仗。相反司马懿本身是谋士出身，善奇谋，擒斩孟达奠定军事能力。所以简单来看，在史实里司马懿的能力要高于诸葛亮。
当然……随便哪一个都是人才，各有所长，咱们现在只能根据一章半句来考究，真实情况就难以确定了。
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