全区现有对外开放的口岸19个，分布在边境14个旗（市）以及呼和浩特市和呼伦贝尔市。
对俄罗斯开放的有6个口岸：满洲里铁路口岸、满洲里公路口岸、黑山头水运口岸、室韦水运口岸、二卡公路口岸、胡列也吐水运口岸。
对蒙古国开放的有10个口岸：二连浩特铁路口岸、二连浩特公路口岸、策克公路口岸、甘其毛都公路口岸、珠恩嘎达布其公路口岸、阿日哈沙特公路口岸、满都拉公路口岸、额布都格水运口岸、阿尔山公路口岸、巴格毛都公路口岸。
还有3个国际航空口岸：呼和浩特航空口岸、海拉尔航空口岸、满洲里航空口岸。
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