两者的区别：1、港湾候车亭由于站台停靠点不在车道上，不会对其他车辆产生影响;而直线式公交站有公交车停靠时，会对同车道其他车辆产生影响。2、港湾候车亭常用于未设置公交专用车道、主路车道数为双向四车道的城市主干路和一些交通量较大的次干路;而直线式候车亭为直接停靠在道路车道内，停车时占用行车道，常用于设置公交专用道的城市主干路、交干路和支路。
