大学毕业后，用人单位要等到毕业后才签三方协议，到时候学校已经把档案派遣出去了，怎么办？

你可以先办理暂缓就业。
对此类问题，你先看我总结的下面几条：
一、毕业后回生源地发展的，毕业后档案及户籍迁回生源地，这种情况到六月份领取报到证后再到学校保卫处办理户籍回迁。（注：回生源地发展的同学适用）。
二、毕业后还没落实好工作单位或要以应届生身份报考公务员的，可申请暂缓就业，这种情况档案会被直接迁往高校就业指导中心存放两年。先填写相关资料申请即可办理。
三、毕业后所在单位为国有或事业单位。1、属正式编制员工，档案和户籍可迁往所属单位（具体向单位人事部咨询办理。） 2、合同工（还没正式编制）档案可先打回生源地或挂靠到人才市场待转正后再迁往所属单位。建议挂靠到人才市场，因为打回去容易丢失国家干部身份，对以后工龄、评职称及退休金计算等都有影响。
四、目前没落实好工作单位又不用保留应届生身份而申请暂缓，或已经落实好工作单位为私营和民营等情况，建议挂靠到工作所在城市人才市场，以便于转干部身份及档案的连续性，确保个人应有权益。

可以先把档案放在公司所在地的人才交流中心，到毕业后签完合同如果公司接受档案就可以直接调到公司

毕业后，三方没任何意义。直接跟公司签劳动合同。