因为你没有先确认你妻子失踪，因此法院这样判决也是可以理解的。但不影响你六个月后再起诉要求离婚，如果六个月后再起诉离婚的，一般就会判决准许离婚了。
可以向人民法院提出宣告失踪申请，根据《民法通则》的规定，从公民下落不明满2年次日起，公民的配偶，父母，子女，近亲属，利害关系可以向法院申请宣告公民失踪。申请向下落不明人住所地基层人民法院提出。
申请书应当写明失踪的事实、时间和请求，并附有公安机关或者其他有关机关关于该公民下落不明的书面证明。
人民法院受理宣告失踪案件后，应当发出寻找下落不明人的公告。宣告失踪的公告期间为三个月公告期间届满，人民法院应当根据被宣告失踪是否得到确认，作出宣告失踪的判决。
然后再根据这个判决，向法院提出解除婚姻关系。
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