A、细胞分化能使细胞种类增多，但不会使细胞数量增多，A错误；B、细胞分化会使细胞器的种类和数量发生改变，B正确；C、细胞分化不会使呼吸酶活性降低，C错误；D、细胞分化的实质是基因的选择性表达，不会改变细胞核遗传物质，D错误．故选：B．
