A、基因重组是生物变异的来源之一,对生物的进化具有重要的意义,基因突变是生物变异的根本来源,A错误;B、基因重组不能形成新基因,但能产生新的基因型,B错误;C、同源染色体上的等位基因随非姐妹染色单体的交换而发生交换,导致染色单体上的基因重组,但非同源染色体上片段的交换属于染色体结构变异的易位,C错误;D、非同源染色体上的非等位基因发生自由组合属于基因重组,D正确.故选:D.