氢键在无机物中一般是在两个分子间形成(如:H2O, NH3 , HF等),这些分子内应是化学键. 在有机物中,多元醇类,多元羧酸类等, -OH在分子内能够互相接近,也应该能形成氢键.
氢键多数都是分子间形成,但分子内空间位置适当的条件下也可以,如蛋白质的二级结构的形成就是因为分子内氢键的存在。
氢键可以在分子间形成,也可以在分子内形成,只要形成氢键的条件具备。