1.与种子的遗传特性有关：北方小麦品种多数为生长期较长的冬性小麦，形成了在种子积累较多蛋白质适应性特点。
2.南方气候湿热，植物的营养器官生长较旺，蛋白质形成需要较复杂的生理生化过程，南方地区昼夜温差小，光合产物转化为蛋白质并输送到种子中储藏的量相对少；而北方地区正好相反。因此，我国小麦种子蛋白含量呈现南低北高的规律。
与光照时间有关，北方光照时间长，光合时间长，蛋白质含量就高，反之，则低。
我国北方干燥，降雨量及土壤水分比南方少，所以北方小麦蛋白质含量比南方显著增高
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