看来楼主好像对财务一点都不懂，真的不是一两句话能教会你的。
首先要看你老板要你做的是什么账？是否需要报税？
如果需要报税的话，而你们又是用个人账户管收入，那是否收入都没开发票出去的，如果是这样的话，你可能就要做二盘账，一盘内账（反映公司的真实财务状况的），一盘是外账（即是税务账，只有要发票的费用及开了发票的收入才做到这盘账来）。如果事实真是如此的话，对你可能比较难上手啊。那一两句话真的无法和你说清楚了。
如果不需要报税的话，可能你老板只是需要你记个流水账吧，把所有的收入支出用银行账及现金账记就可以了，很单间，按发生的时间顺序记就可以了，每天记账，每天结账。
至于你说到两个公司的现金及银行账，当然是要分开账本记的（如果两个公司是有法人营业执照的正规公司的话）
建账的话固定资产当然也要建账的（还有就是往来，成本费用类，。。。。。），还要计提折旧，具体建议你看看财务类的书，真的无法在这里和你说清楚了
事情比较杂，不是几句话的事，你是老板的话可以聘请专职或者兼职的会计人员
出纳会计是不能同时做的，这是违法的，承担责任，千万别这样。如果只是会计没有到，你只做你出纳的事，现金一定要点清楚，错了就麻烦。在电脑做流水账，分出几个账户来做，月底再登记账本。进出分明。这样就清楚了。希望你工作顺利。
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