证明发票不是虚开的，有效证据如下：
1、商业企业销售的品种与数量与采购品种数量相对应。
2、商品的验收、入库、出库、销售等环节手续和单据等内部环节完善；
3、工业企业成本比例是否合理。
4、对于出入量大的品种进行实地盘点，会有所收获。
5、提供货物清单，物流凭证。
6、银行账、对账单要购货方的资金入账。
确定是否虚开增值税发票要看三个流是否统一，即，发票流、现金流、货物流。
通常来说，相互关联企业或者关系好的企业之间进行虚开增票的行为较多（真的买发票风险太高）。发票流和现金流造假比较容易，但是最后那个货物流很难造假，要提供货物清单、物流凭证等等一堆材料。
有真实的业务生来，有原始发货、收货记录，企业买产品是用在哪一批产品或者是哪一个工程项目，提供原始的收发货记录，总之只要是能证明企业买回来产品或者材料企业也使用了就行啦。
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