这句话是什么意思：由甲方或用工单位来为乙方代扣代缴个人所得税及依法应由个人承担的社会保险等费用。

　　这句话的意思是：单位（此题指甲方或用工单位）代扣员工（此题指乙方）个人所得税及社会保险费，再代缴个人所得税及社会保险费。
　　代扣代缴是依照税法规定负有代扣代缴义务的单位和个人，从纳税人持有的收入中扣取应纳税款并向税务机关解缴的一种纳税方式。
　　包括：
　　（1）向纳税人支付收入的单位和个人；
　　（2）为纳税人办理汇总存贷业务的单位。
　　和代收代缴的区别：
　　代扣代缴义务人直接持有纳税人的收入从中直接扣除纳税人的应纳税款。代收代缴义务人在与纳税人的经济往来中收取纳税人的应纳税款并代为缴纳。

你这个是劳动合同上的话吗，这个是正常的，就是用人单位有义务代扣代缴你的个人所得税（如果你的工资需要交纳个税的话，税务局规定公司必须要代扣的），另外在交纳社保方面，公司在帮你交纳公司部分社保时，同时你自己也需要交纳个人应缴那部分(这部分是你自己应该交纳的，公司也会从你的工资里代扣代缴的)，上述两项公司会从你的应付工资里代扣的，是正常合法，任何公司都是这样操作的

就是说乙方的个人所得税和社会保险由甲方代交，但是钱其实还是由乙方出

就是指你的工资里代扣代缴你应缴纳的个人所得税部分及个人应缴纳的社会保险部分。法律有规定的，合理。