因为最初抗生素就是在微生物的代谢产物中发现的，同时由于抗生素分子结构复杂，化学合成步骤多、污染大、副产物多、反应条件苛刻较难实现，发酵生产则很少存在以上问题。
抗生素有很多种 基本上都是由各种细菌、真菌、放线菌在代谢过程中产生的 这些生物都属于微生物。微生物的代谢无论有氧呼吸还是无氧呼吸统称为微生物发酵
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抗生素原指微生物产生的、能在低浓度（以微克／毫升计）杀死或抑制细菌或真菌等微生物的物质，现在也包括天然产生的抗生素经化学方法改造所得的半合成抗生素，并且将能抑制肿瘤、原虫等微生物产物也归入抗生素类。抗生素的化学结构种类繁多，主要有糖类、肽类、蛋白质类、核苷类、多烯类、多醚类、内酰胺类、大环内酯类、四环类、安莎类等。抗生素主要用于治疗微生物感染和抗癌。在兽医、动物饲养、食品和生物制品保藏以及防治植物病害等方面也广泛应用。
因为这成本低，产品收率高，并可以简单地通过基因工程进行改造菌种，增加产量和定型生产；
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