首先需要明确，独立核算和独立纳税是两个概念，你说的子公司应该是独立纳税的。
加工厂需要听名字应该是交纳增值税的，当然小税种和所得税也会缴纳。
分公司形式存在与子公司存在的最大区别在企业所得税，但是我认为子公司方式存在可能更好，这里有转让定价，与营业税税制改革的问题。
至于税收优惠，具体问题具体分析，不了解你们的具体情况
总公司给子公司的订单是要缴税的。工厂的加工、修理修配、销售货物是要交增值税的；另外在这个基础上城建税和教育费附加还是要交的。至于税收优惠属地方政策，要看工厂所在区域的优惠政策，具体要和当地相关部门联系。
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