可以约定房屋产权的归属，没有问题。但一定要写详细一些，例如：无论房屋是否升值，若房屋变卖，则XXX获得变卖收益的50%。XXX（你老婆的父亲）不得按照建房时的出资额给付。
农村房子没有产权的，只有使用权。因此你写这个东西没有太多意义。
双方在平等，自愿，合法的条件下订立的协议是有效的。但是协议与合同严格地说是有区别的。协议，也就是协商合意，没有设立违约责任。你的房子是属不动产的，虽然只有土地使用证但没有房产证，所以订个具体一些的房屋产权归属的合同契约比较妥善。可以找些见证人签字，这样促使合同契约更加具有效力。当然再好不过是办理房产证！
首先你要考虑的不是谁的房子。而是你没说明白这块地是农田地还是可以盖房的地，以及这块地是否能得到有关部门审批。是否可以办法房产证。这是第一步。再考虑其次。
你写详细了就没问题了。还有就是虎毒不食子你老婆爸爸应该不会把那地吞掉- -
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