克隆基因的编码框时，必须从ATG开始或UTR处开始。当你想表达这个基因时，PCR产物必须包括完整的读码框；当你需要该基因融合GFP时，不仅需要从ATG开始，终止密码子必须突变掉，而且目的基因与GFP必须在一个读码框中。
而需要监测目的基因的表达水平时，如果使用RT-PCR，则最好是从基因的中上段开始设计引物，因为在RNA提取时，可能得到的部分RNA有小部分降解，或反转录时，只反转录了一部分，没有到ATG这端，因此，从中上有设计的引物更容易监测到目的基因的表达。
望采纳！
很多情况下载体是带有ATG和TAA的，自己序列里的信号肽不会影响表达后的功能！
因为如果是融合表达的载体，有起始密码子的，不需要ATG起始，而设计者认为前面一段对目的蛋白的功能不受影响，因此也就可以去除。
目的基因的表达必须从ATG开始，检测目的基因是否有表达的情况下，可以中间设计引物
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