（1）系统的观点。生态农业旅游资源保护性开发是一个复杂系统，是投影叠加在自然生态、社会、经济三大系统交汇区之上的，生态农业旅游系统对三大基础系统有依赖关系，相互间联系紧密。因此，生态农业旅游资源开发必须全面考虑三大基础系统中各个要素，如保护，不仅要保护生态环境，还应保护社会环境及经济利益。
（2）保护的观点。生态农业旅游资源开发的保护有着丰富的内涵，至少应该包括：
①保护对象体系。要实现一个区域生态农业旅游业可持续发展，保护的对象不仅仅是资源环境，还应包括社会文化及相应的经济利益，三大方面的保护都对旅游业可持续发展有特殊功能，资源环境及社会文化是旅游业可持续发展的资源基础，其中，资源环境是资源的物质载体，社会文化是资源的精神内涵，而经济利益则是保护的动力。
②保护动力。保护动力往往与保护者的切身利益紧密联系，保护者的切身利益就是其自觉保护行为的动机，要让保护者明白保护能够给予他们所需的利益。
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