A、由题意知，某基因发生了一个碱基对的变化，导致氢键总数减少了一个，可能是碱基对发生了替换，可能是A-T碱基对替换了G-C碱基对，A错误；B、由于密码子具有简并性，基因突变后，基因控制合成的蛋白质的结构不一定发生改变，B错误；C、由A分析知，C错误；D、突变后的密码子可能变成了终止密码子，使翻译过程提前终止，D正确．故选：D．
